Le microbiote, ensemble des micro-organismes vivant en symbiose dans notre corps, fait l'objet de recherches intensives depuis vingt ans, avec des dizaines de milliers de publications annuelles. Les milliards de bactéries intestinales sont particulièrement étudiées pour leurs liens présumés avec diverses maladies, dont des troubles cognitifs et psychiatriques comme l'autisme, la schizophrénie, la dépression ou Alzheimer.
Les indices initiaux
Plusieurs éléments ont attiré l'attention sur le microbiote comme facteur potentiel de l'autisme. D'une part, la prévalence des diagnostics d'autisme a fortement augmenté ces dernières décennies, suggérant l'émergence de nouveaux facteurs de risque, comme des infections microbiennes. D'autre part, des troubles gastro-intestinaux sont fréquemment associés à l'autisme.
Trois axes de recherche
Ces pistes ont généré trois types d'études : observationnelles comparant le microbiote de personnes autistes et témoins ; expérimentales sur des souris dont le microbiote est manipulé pour observer des altérations comportementales ; et cliniques chez l'humain testant des traitements ciblant le microbiote pour réduire les symptômes autistiques. Si certains jugent ces travaux convergents, une synthèse récente publiée dans Neuron se montre très critique.
Des constats de départ peu solides
L'augmentation des diagnostics d'autisme reflète surtout un élargissement des critères et une meilleure détection, sans preuve d'une hausse réelle des cas. De plus, les troubles gastro-intestinaux pourraient avoir d'autres causes : facteurs de risque génétiques affectant à la fois le cerveau et le système digestif, ou alimentation très sélective chez de nombreux enfants autistes. Ainsi, les différences de microbiote observées pourraient être liées à l'alimentation plutôt qu'à l'autisme.
Problèmes méthodologiques
Les études observationnelles souffrent d'un autre biais : le microbiote contient tant de micro-organismes qu'il est toujours possible d'en trouver certains qui diffèrent entre groupes. Distinguer les vrais résultats des faux positifs nécessite de grands effectifs, mais les trois axes de recherche reposent souvent sur de petits groupes, manquant de puissance statistique.
Manque de réplicabilité
Dans ce contexte, seule la réplication des résultats par de multiples études pourrait renforcer leur crédibilité. Si les études semblent converger en rapportant un lien entre autisme et microbiote, cette convergence disparaît à l'examen détaillé : les différences concernent à chaque fois des métabolites différents avec des effets différents. De plus, la plupart des essais cliniques présentent des limites méthodologiques majeures, et les mieux conçus ne montrent aucun effet probant. Aucun résultat ne résiste à une analyse statistique rigoureuse.
Vers plus de rigueur
Il est peut-être trop tôt pour abandonner l'hypothèse microbienne de l'autisme, mais après quinze ans de recherches, le stade des études pilotes devrait être dépassé. Il est urgent de renforcer la rigueur méthodologique et la réplicabilité. Les organismes de financement ont la responsabilité de s'assurer que les études disposent d'une méthodologie robuste pour tester des hypothèses spécifiques, plutôt que de produire un océan de données peu probantes.
Franck Ramus, chercheur au CNRS et à l'École normale supérieure (Paris)
